APRENDIENDO ALGO MAS DEL CORONAVIRUS (COVID 19)

Mónica Padilla

Biotecnóloga

(Desde España)

Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), más de 1,300,000 personas se infectaron y más de 79,000 murieron en todo el mundo, con el brote del síndrome respiratorio agudo severo (SRAS) a fines de 2002 fue una epidemia mundial de enfermedades infecciosas; el culpable de la epidemia fue el coronavirus del SARS (SARS-CoV), que se llama así por la forma coronal o corona en la membrana externa del virus. A finales de 2019, se encontraron varios casos de neumonía no identificados en Wuhan, China, que se extendieron rápidamente a todas partes del país y a múltiples países de todo el mundo. Estos casos y muchos otros que continúan siendo reportados se deben a un coronavirus recientemente identificado, SARS-CoV-2, que actualmente se encuentra bajo un intenso escrutinio científico.

LAS CAUSAS

Los patógenos que causaron ambos brotes pertenecen a la familia Coronaviridae. La Organización Mundial de la Salud ha nombrado recientemente el brote de enfermedad actual como COVID-19. Actualmente, no hay vacunas o tratamientos efectivos disponibles para este virus, aunque se espera que una nueva vacuna contra el coronavirus, deberá entrar en ensayos clínicos en abril. Hasta la fecha, no es completamente claro el potencial patogénico ni la dinámica de transmisión del 2019- nCoV. Actualmente se ha extendido en más de 190 países, más de 660,000 casos, más de 30,000 muertos, en el mundo.

EXPANSIÓN

Debido a la expansión de la pandemia, toda experiencia es fuente de información valiosa y el arma más importante para todos y especialmente para el personal médico que trabaja en primera línea. Se trata de una enfermedad nueva, donde el aislamiento, el diagnóstico, el tratamiento, las medidas de protección y la rehabilitación se han hecho desde cero. Esta pandemia es un problema común al que se enfrenta la humanidad en la era de la globalización. En este momento, compartir recursos, experiencias y aprendizajes, sin importar quiénes sean, es nuestra única posibilidad para ganar. La solución real para esta pandemia no es el aislamiento, sino la cooperación. Es una guerra acaba de empezar.

Son muy importantes las pruebas de laboratorio, la decisión de realizarla debe basarse en factores clínicos y epidemiológicos y vincularse a una evaluación de la probabilidad de infección. La prueba de PCR de contactos asintomáticos o levemente sintomáticos puede considerarse en la evaluación de individuos que han tenido contacto con un caso COVID-19. Los protocolos de detección deben adaptarse a la situación local. Las definiciones de casos se revisan y actualizan periódicamente a medida que se dispone de nueva información. La recolección y prueba rápidas de muestras apropiadas de pacientes que cumplen con la definición de caso sospechoso para COVID-19 es una prioridad para el manejo clínico y el control de brotes. y debe ser guiado por un experto en laboratorio. Los casos sospechosos deben analizarse para detectar el virus con pruebas de amplificación de ácido nucleico (NAAT), como RT-PCR. Si las pruebas para COVID-19 aún no están disponibles a nivel nacional, se deben remitir las muestras.

IMPORTANCIA DE LAS PRUEBAS DE LABORATORIO

Las pruebas de diagnóstico para COVID-19 son críticas para rastrear el virus, comprender la epidemiología, informar el manejo de casos y suprimir la transmisión. Se trata de informar, como puede ser el uso estratégico de las pruebas de diagnóstico en diferentes escenarios de transmisión del brote de COVID-19, desde ningún caso hasta la transmisión comunitaria, incluida la forma en que las pruebas podrían racionalizarse cuando la falta de reactivos o capacidad de prueba requiere la priorización de ciertas poblaciones o individuos para la prueba. Tratando de que las partes interesadas participen en el trabajo de laboratorio del virus COVID-19, incluyendo desde los requisitos de empaque y envío para enviar muestras a los laboratorios de referencia de la OMS que proporcionan pruebas de confirmación para COVID-19.

BUENAS PRACTICAS

Las buenas prácticas de laboratorio que producen resultados precisos y son clave para asegurar que las pruebas de laboratorio beneficien a la salud pública. La disponibilidad de resultados oportunos y precisos puede ser amenazado cuando las pruebas exigen una capacidad superior, como cuando, hay una acumulación de pruebas y no se puede emitir un resultado en 24 48 horas; cuando la demanda de reactivos de laboratorio excede la capacidad de suministro, el personal del laboratorio está agotado y trabaja horas sin descanso, el número de muestras entrantes excede la capacidad de almacenamiento seguro, el personal crítico se infecta o dicho de otra manera es incapaz de realizar sus tareas (por ejemplo, estar en cuarentena), los instrumentos de laboratorio ya no pueden ser reparados o mantenidos adecuadamente.

Algunas de estas limitaciones pueden superarse con un riesgo adecuado de evaluación en la fase temprana de un brote y preventivo y con soluciones puestas en marcha por adelantado.

Es importante que las muestras, los métodos y el momento de la recolección sean apropiados para mejorar la precisión de la detección. Los tipos de muestras incluyen: muestras de las vías respiratorias superiores (hisopos faríngeos, hisopos nasales, secreciones nasofaríngeas), muestras de las vías respiratorias inferiores (esputo, secreciones de las vías respiratorias, líquido de lavado broncoalveolar), sangre, heces, orina y secreciones conjuntivales.

El esputo y otras muestras del tracto respiratorio inferior tienen una alta tasa positiva de ácidos nucleicos y deben ser recolectados preferentemente. El SARS-CoV-2 prolifera de forma preferencial en las células alveolares de tipo II (AT2) y el pico de la diseminación viral aparece de 3 a 5 días posteriores a la aparición de la enfermedad. Por lo tanto, si la prueba del ácido nucleico es negativa al principio, se deben seguir recogiendo muestras y analizándolas en los días posteriores.

 La prueba de ácido nucleico es el método más recomendado para diagnosticar la infección por SARS-CoV-2. El proceso de prueba debe seguir las instrucciones del kit: Las muestras son preprocesadas de antemano, y el virus es lisado para extraer los ácidos nucleicos. Los tres genes específicos del SARS-CoV-2, a saber, los genes del marco de lectura abierta 1a/b (ORF1a/b), de la proteína nucleocápside (N) y de la proteína de la envoltura (E), son amplificados posteriormente mediante la tecnología de PCR cuantitativa en tiempo real.

 Los genes amplificados se detectan por la intensidad de la fluorescencia. Los criterios de los resultados positivos de los ácidos nucleicos son: El gen ORF1a/b es positivo, y/o el gen N/e es positivo. La detección combinada de ácidos nucleicos de múltiples tipos de muestras permite mejorar la precisión del diagnóstico. Entre los pacientes con ácido nucleico positivo confirmado en el tracto respiratorio, alrededor del 30% – 40% de dichos pacientes han sido detectados con ácido nucleico viral en la sangre y alrededor del 50% – 60% de los pacientes han sido detectados con ácido nucleico viral en las heces. No obstante, la tasa de positivos en las pruebas de ácido nucleico en las muestras de orina es bastante baja. Las pruebas combinadas con muestras de las vías respiratorias, heces, sangre y otros tipos de muestras son útiles para mejorar la precisión del diagnóstico de los casos sospechosos, se debe supervisar la efectividad del tratamiento y gestionar las medidas de aislamiento posteriores al alta.

RECOMENDACIONES PARA UNA

BUENA TOMA DE MUESTRAS

Debe asegurarse de que se estén utilizando procedimientos operativos estándar (SOP) adecuados y que el personal esté capacitado para la recolección, almacenamiento, empaque y transporte apropiados de muestras. Todas las muestras recolectadas para investigaciones de laboratorio deben considerarse como potencialmente infecciosas. Así mismo debe asegurarse de que los trabajadores de la salud que recolectan muestras cumplan rigurosamente con las pautas de prevención y control de infecciones.

Se debe recolectar material respiratorio: muestras de las vías respiratorias superiores: hisopo o lavado nasofaríngeo y orofaríngeo en pacientes ambulatorios y / o muestras respiratorias inferiores: esputo (si se produce) y / o aspirado endotraqueal o lavado broncoalveolar en pacientes con enfermedad respiratoria más severa. (Tener en cuenta el alto riesgo de aerosolización; cumpla estrictamente con los procedimientos de prevención y control de infecciones). Se pueden recolectar muestras clínicas adicionales a medida que se haya detectado el virus COVID-19 en sangre y heces, al igual que los coronavirus responsables del SARS y MERS. La duración y frecuencia de la eliminación del virus COVID-19 en heces y potencialmente en orina es desconocido. En el caso de pacientes fallecidos, considerar el material de autopsia, incluido el tejido pulmonar. En pacientes supervivientes, el suero pareado (agudo y convaleciente) puede ser útil para definir retrospectivamente los casos a medida que los ensayos serológicos estén disponibles.

Las muestras para la detección de virus deben llegar al laboratorio lo antes posible después de la recolección. El manejo correcto de las muestras durante el transporte es esencial. Las muestras que se pueden entregar rápidamente al laboratorio se pueden almacenar y enviar a 2-8 ° C. Cuando es probable que haya una demora en que las muestras lleguen al laboratorio, se recomienda encarecidamente el uso de un medio de transporte viral. Las muestras pueden congelarse a -20 ° C o idealmente -70 ° C y enviarse en hielo seco si se esperan más demoras. Es importante evitar la congelación y descongelación repetidas de muestras. Se debe alertar al laboratorio antes de enviar las muestras, esto, fomenta el procesamiento adecuado y oportuno de las muestras y el informe oportuno. Las muestras deben estar correctamente etiquetadas y acompañadas de un formulario de solicitud de diagnóstico

El personal del laboratorio debe usar equipo de protección personal (EPP) apropiado que incluya guantes desechables, mascarilla quirúrgica (tapabocas), bata antifluido y protección para los ojos al momento de manipular muestras potencialmente infecciosas. En el momento de tomar una muestra respiratoria de un paciente sospechoso en Unidad de Cuidados Intensivos, se debe considerar el uso de mascarilla N95. Cualquier procedimiento con el potencial de generar aerosoles de partículas finas debe realizarse en una cabina de bio seguridad de clase II.

El transporte de muestras sospechosas de infección por COVID 19, debe asegurar el uso de un triple empaque, debidamente marcado y etiquetado.

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